Markus Lehtinen absolvierte ein Klavier- und Dirigentenstudium an der Sibelius-Akademie in Helsinki. Zudem studierte er Komposition bei Aulis Sallinen und Einojuhani Rautavaara. 1988 wurde er an die Königliche Oper in Kopenhagen verpflichtet, der er bis 1993 angehörte. Er war Chefdirigent des Jyväskylä Sinfonieorchesters sowie Gastdirigent des Malmö Sinfonieorchesters. 1993 debütierte er an der Hamburgischen Staatsoper, weitere Engagements in Deutschland waren unter anderem an der Deutschen Oper Berlin und an der Bayerischen Staatsoper. Seit 2004 hat Markus Lehtinen eine Professur an der Sibelius-Akademie.